MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 chromosome

Total Repeats: 93738

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004337	TG	3	6	37	42	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004337	A	7	7	47	53	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004337	AGC	2	6	65	70	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_004337	CAGA	2	8	156	163	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_004337	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_004337	CAC	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	24111451
7	NC_004337	ACC	3	9	214	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	24111451
8	NC_004337	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004337	T	8	8	302	309	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004337	AAC	2	6	329	334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_004337	CGG	2	6	353	358	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479580
12	NC_004337	CAGG	2	8	419	426	25 %	0 %	50 %	25 %	56479580
13	NC_004337	CT	3	6	444	449	0 %	50 %	0 %	50 %	56479580
14	NC_004337	ACCA	2	8	465	472	50 %	0 %	0 %	50 %	56479580
15	NC_004337	TGG	2	6	475	480	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56479580
16	NC_004337	GAT	2	6	482	487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
17	NC_004337	A	6	6	490	495	100 %	0 %	0 %	0 %	56479580
18	NC_004337	CGC	3	9	569	577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56479580
19	NC_004337	TCG	2	6	613	618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
20	NC_004337	TTG	2	6	663	668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56479580
21	NC_004337	CGCTG	2	10	692	701	0 %	20 %	40 %	40 %	56479580
22	NC_004337	CTG	2	6	795	800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
23	NC_004337	CCG	2	6	848	853	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56479580
24	NC_004337	CCG	2	6	907	912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56479580
25	NC_004337	TGG	2	6	931	936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56479580
26	NC_004337	ACT	2	6	958	963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479580
27	NC_004337	CGG	2	6	967	972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479580
28	NC_004337	GCTG	2	8	974	981	0 %	25 %	50 %	25 %	56479580
29	NC_004337	TTG	2	6	998	1003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56479580
30	NC_004337	GGAC	2	8	1012	1019	25 %	0 %	50 %	25 %	56479580
31	NC_004337	GTT	2	6	1067	1072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56479580
32	NC_004337	TTC	2	6	1126	1131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56479580
33	NC_004337	TGA	2	6	1232	1237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
34	NC_004337	GGC	2	6	1328	1333	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479580
35	NC_004337	GC	3	6	1332	1337	0 %	0 %	50 %	50 %	56479580
36	NC_004337	TGC	2	6	1343	1348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
37	NC_004337	GTG	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56479580
38	NC_004337	ATC	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479580
39	NC_004337	TG	3	6	1434	1439	0 %	50 %	50 %	0 %	56479580
40	NC_004337	AAG	2	6	1483	1488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56479580
41	NC_004337	GGT	2	6	1535	1540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56479580
42	NC_004337	TCT	2	6	1635	1640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56479580
43	NC_004337	GAT	2	6	1671	1676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
44	NC_004337	TCA	2	6	1700	1705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479580
45	NC_004337	GCT	2	6	1772	1777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
46	NC_004337	GCTG	2	8	1801	1808	0 %	25 %	50 %	25 %	56479580
47	NC_004337	GCG	2	6	1837	1842	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479580
48	NC_004337	GAA	2	6	1902	1907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56479580
49	NC_004337	ATC	2	6	1966	1971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479580
50	NC_004337	TTG	2	6	1987	1992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56479580
51	NC_004337	CCAG	2	8	2002	2009	25 %	0 %	25 %	50 %	56479580
52	NC_004337	TCG	2	6	2085	2090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
53	NC_004337	ATC	2	6	2101	2106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479580
54	NC_004337	GCG	2	6	2118	2123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479580
55	NC_004337	TGA	2	6	2213	2218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
56	NC_004337	GAT	2	6	2349	2354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
57	NC_004337	ATTGAA	2	12	2430	2441	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	56479580
58	NC_004337	TGC	2	6	2446	2451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
59	NC_004337	CGA	2	6	2510	2515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56479580
60	NC_004337	CG	4	8	2525	2532	0 %	0 %	50 %	50 %	56479580
61	NC_004337	TGA	2	6	2546	2551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
62	NC_004337	TGA	2	6	2582	2587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56479580
63	NC_004337	TAT	2	6	2685	2690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56479580
64	NC_004337	TGC	2	6	2707	2712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56479580
65	NC_004337	GCG	2	6	2863	2868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111453
66	NC_004337	GGC	2	6	2916	2921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111453
67	NC_004337	CAA	2	6	2937	2942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24111453
68	NC_004337	GCAA	2	8	3029	3036	50 %	0 %	25 %	25 %	24111453
69	NC_004337	GGT	2	6	3105	3110	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24111453
70	NC_004337	ATGA	2	8	3127	3134	50 %	25 %	25 %	0 %	24111453
71	NC_004337	GCA	2	6	3206	3211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24111453
72	NC_004337	TGG	2	6	3243	3248	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24111453
73	NC_004337	TGA	2	6	3257	3262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111453
74	NC_004337	GAA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24111453
75	NC_004337	CAT	2	6	3276	3281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	24111453
76	NC_004337	CAGC	2	8	3282	3289	25 %	0 %	25 %	50 %	24111453
77	NC_004337	TGA	2	6	3303	3308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111453
78	NC_004337	CGC	2	6	3385	3390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	24111453
79	NC_004337	ATTGC	2	10	3395	3404	20 %	40 %	20 %	20 %	24111453
80	NC_004337	CTGG	2	8	3418	3425	0 %	25 %	50 %	25 %	24111453
81	NC_004337	TTCA	2	8	3427	3434	25 %	50 %	0 %	25 %	24111453
82	NC_004337	TGA	2	6	3473	3478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111453
83	NC_004337	AGCG	2	8	3564	3571	25 %	0 %	50 %	25 %	24111453
84	NC_004337	TCCGGC	2	12	3577	3588	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	24111453
85	NC_004337	CGG	2	6	3704	3709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111453
86	NC_004337	T	6	6	3820	3825	0 %	100 %	0 %	0 %	24111454
87	NC_004337	CTGA	2	8	3850	3857	25 %	25 %	25 %	25 %	24111454
88	NC_004337	TGA	2	6	3861	3866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
89	NC_004337	TGA	2	6	3924	3929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
90	NC_004337	GC	3	6	3960	3965	0 %	0 %	50 %	50 %	24111454
91	NC_004337	CGG	2	6	4059	4064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111454
92	NC_004337	GAT	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
93	NC_004337	GGC	2	6	4252	4257	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111454
94	NC_004337	TGA	3	9	4323	4331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
95	NC_004337	CTA	2	6	4404	4409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	24111454
96	NC_004337	AGG	2	6	4436	4441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	24111454
97	NC_004337	CGG	2	6	4493	4498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111454
98	NC_004337	CTG	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111454
99	NC_004337	TGC	2	6	4542	4547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111454
100	NC_004337	ACG	2	6	4583	4588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24111454
101	NC_004337	AAC	2	6	4651	4656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24111454
102	NC_004337	GTT	2	6	4674	4679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24111454
103	NC_004337	CCG	2	6	4680	4685	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	24111454
104	NC_004337	GAT	2	6	4726	4731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
105	NC_004337	AG	3	6	4881	4886	50 %	0 %	50 %	0 %	24111454
106	NC_004337	CCG	2	6	4973	4978	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	24111454
107	NC_004337	TGCGT	2	10	4986	4995	0 %	40 %	40 %	20 %	24111454
108	NC_004337	TGA	3	9	5000	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111454
109	NC_004337	ATC	2	6	5009	5014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	24111454
110	NC_004337	T	6	6	5070	5075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004337	GAA	2	6	5078	5083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004337	AAC	2	6	5162	5167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_004337	CGT	2	6	5168	5173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_004337	GCA	2	6	5290	5295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56479581
115	NC_004337	TGG	2	6	5398	5403	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56479581
116	NC_004337	ACA	2	6	5406	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56479581
117	NC_004337	CCG	2	6	5449	5454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56479581
118	NC_004337	CCG	2	6	5458	5463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56479581
119	NC_004337	CCA	2	6	5466	5471	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56479581
120	NC_004337	CTC	2	6	5480	5485	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	56479581
121	NC_004337	ATC	2	6	5489	5494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56479581
122	NC_004337	CGG	2	6	5496	5501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56479581
123	NC_004337	AT	3	6	5612	5617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004337	CGC	2	6	5656	5661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_004337	GCT	2	6	5687	5692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111456
126	NC_004337	GGA	2	6	5724	5729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	24111456
127	NC_004337	TCA	2	6	5734	5739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	24111456
128	NC_004337	AAG	2	6	5740	5745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24111456
129	NC_004337	CAGT	2	8	5765	5772	25 %	25 %	25 %	25 %	24111456
130	NC_004337	AAT	2	6	5799	5804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24111456
131	NC_004337	TCA	2	6	5813	5818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	24111456
132	NC_004337	TGA	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111456
133	NC_004337	TTC	2	6	5866	5871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24111456
134	NC_004337	TTC	2	6	5911	5916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24111456
135	NC_004337	CAC	2	6	5958	5963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	24111456
136	NC_004337	TGC	2	6	5976	5981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111456
137	NC_004337	TTG	2	6	5998	6003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24111456
138	NC_004337	TGA	2	6	6005	6010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24111456
139	NC_004337	AAATCG	2	12	6151	6162	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24111456
140	NC_004337	AGCG	2	8	6269	6276	25 %	0 %	50 %	25 %	24111456
141	NC_004337	CTG	2	6	6360	6365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111456
142	NC_004337	GTG	2	6	6400	6405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24111456
143	NC_004337	A	7	7	6495	6501	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004337	CAT	2	6	6542	6547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_004337	GCC	2	6	6759	6764	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_004337	GTT	2	6	6813	6818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004337	AGA	2	6	6830	6835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_004337	ATC	2	6	7057	7062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_004337	TGC	2	6	7077	7082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_004337	GCTGCC	2	12	7105	7116	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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152	NC_004337	GCC	2	6	7209	7214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_004337	GCCA	2	8	7226	7233	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_004337	TTA	2	6	7283	7288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_004337	CAG	2	6	7386	7391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_004337	AAT	2	6	7407	7412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_004337	CG	3	6	7553	7558	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_004337	GCA	2	6	7663	7668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_004337	CGG	2	6	7700	7705	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_004337	CG	3	6	7745	7750	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
162	NC_004337	CAA	2	6	7879	7884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_004337	TAA	2	6	7934	7939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_004337	A	6	6	7945	7950	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_004337	GCAT	2	8	7955	7962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
166	NC_004337	AAG	2	6	8018	8023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_004337	TA	3	6	8024	8029	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_004337	TGG	2	6	8085	8090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24111457
169	NC_004337	CGG	2	6	8150	8155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	24111457
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174	NC_004337	TC	3	6	8345	8350	0 %	50 %	0 %	50 %	24111457
175	NC_004337	CGCAG	2	10	8359	8368	20 %	0 %	40 %	40 %	56479582
176	NC_004337	TTGA	2	8	8387	8394	25 %	50 %	25 %	0 %	56479582
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253	NC_004337	ATTC	2	8	11911	11918	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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259	NC_004337	ATG	2	6	12130	12135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
260	NC_004337	AT	3	6	12141	12146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_004337	A	7	7	12522	12528	100 %	0 %	0 %	0 %	24111463
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404	NC_004337	CAT	2	6	18473	18478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
405	NC_004337	T	6	6	18532	18537	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
406	NC_004337	ATG	2	6	18648	18653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
407	NC_004337	TGT	2	6	18784	18789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24111467
408	NC_004337	TCAGAT	2	12	18791	18802	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24111467
409	NC_004337	GCCA	2	8	18878	18885	25 %	0 %	25 %	50 %	24111467
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413	NC_004337	ATCAC	2	10	19075	19084	40 %	20 %	0 %	40 %	24111467
414	NC_004337	T	6	6	19125	19130	0 %	100 %	0 %	0 %	24111468
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420	NC_004337	GAG	2	6	19450	19455	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
421	NC_004337	TA	3	6	19476	19481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
422	NC_004337	GT	3	6	19683	19688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
423	NC_004337	TC	3	6	19689	19694	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
424	NC_004337	AGC	2	6	19707	19712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
425	NC_004337	A	7	7	19719	19725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
426	NC_004337	TTG	2	6	19780	19785	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532141202
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432	NC_004337	CTT	2	6	20097	20102	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
433	NC_004337	GCA	2	6	20220	20225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532141203
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435	NC_004337	CTT	2	6	20273	20278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532141203
436	NC_004337	CATA	2	8	20379	20386	50 %	25 %	0 %	25 %	24111470
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439	NC_004337	CG	3	6	20458	20463	0 %	0 %	50 %	50 %	24111470
440	NC_004337	GAA	2	6	20482	20487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24111470
441	NC_004337	GCGCAA	2	12	20490	20501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24111470
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452	NC_004337	TCTGGC	2	12	20892	20903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24111470
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465	NC_004337	A	7	7	21487	21493	100 %	0 %	0 %	0 %	24111471
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